Flavivirus NS1 protein: Selection of a capture DNA aptamer by CE SELEX

Alessandra Nunes Duarte Miranda; Mariane Izabella Abreu de Melo; Camila Maria de Souza Lacerda; Antero Silva Ribeiro de Andrade

doi:10.18593/evid.34577

Autores

Alessandra Nunes Duarte Miranda Centro de Desenvolvimento da Tecnologia Nuclear
Mariane Izabella Abreu de Melo Centro de Desenvolvimento da Tecnologia Nuclear
Camila Maria de Souza Lacerda Centro de Desenvolvimento da Tecnologia Nuclear
Antero Silva Ribeiro de Andrade Centro de Desenvolvimento da Tecnologia Nuclear https://orcid.org/0000-0003-0562-1757

DOI:

https://doi.org/10.18593/evid.34577

Palavras-chave:

Aptâmero, proteína NS1, flavivírus, diagnóstico, CE-SELEX

Resumo

Os vírus clinicamente importantes do gênero Flavivirus incluem o vírus Zika (ZIKV), o vírus da dengue (DENV) e o vírus da febre amarela (YFV). Diagnosticar com precisão a infecção por flavivírus é um desafio, especialmente em regiões onde ocorre a superposição da circulação de diferentes espécies. A proteína não estrutural 1 dos flavivírus (NS1) é uma glicoproteína de aproximadamente 48 kDa cuja presença no soro dos pacientes é um marcador precoce de infecção. O objetivo deste estudo foi selecionar um aptâmero de captura capaz de se ligar com alta afinidade à NS1 em todos os flavivírus clinicamente importantes, com o objetivo de aplicá-lo em ensaios diagnósticos baseados em aptâmeros. A seleção do aptâmero foi realizada utilizando uma variação da técnica SELEX, denominada CE-SELEX, que utiliza eletroforese capilar (CE) na etapa de separação. As sequências de ssDNA obtidas após o terceiro ciclo de CE-SELEX foram sequenciadas. A reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real (qPCR) foi usada para quantificar o DNA em ensaios de afinidade e especificidade. Foi obtido um aptâmero (Flav8) com alta afinidade (Kd = 3,58 nM ± 0,22) capaz de se ligar às proteínas NS1 de YFV, ZIKV e DENV (sorotipos 1, 2, 3 e 4). O aptâmero Flav8, devido à sua alta afinidade e capacidade de reconhecer a NS1 de todos os flavivírus clinicamente importantes, é adequado para o uso como um aptâmero de captura de ensaios sanduíches em técnicas como ELONA (Enzyme-Linked Oligonucleotide Assay) ou similares.

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