Comparação de diferentes protocolos de extração de dna de bactérias para utilização em RAPD-PCR

Resumo

São várias as metodologias já descritas para extração do DNA genômico bacteriano, porém as mesmas são normalmente demoradas e com muitas etapas, aumentando a probabilidade de falhas devido à excessiva manipulação. O kit comercial FTA Classic Card (Whatman) proporciona menor tempo e menos etapas para a extração do DNA, entretanto, há relatos de dificuldades na sua utilização em alguns casos para amplificação por PCR. O objetivo deste trabalho foi de realizar comparação qualitativa de DNAs bacterianos obtidos por 4 diferentes técnicas de extração frente sua utilização em RAPD-PCR. Os testes para extração de DNA foram realizados com bactérias Gram-positivas e Gram-negativas, enfatizando a potencialidade de interferência da qualidade dos DNAs nos resultados. As metodologias de extração de DNA comparadas foram: com utilização de apenas de SDS para lise celular, a segunda com adição de SDS e proteinase K, a terceira por choque térmico e a última pelo método do cartão FTA Classic Card. As técnicas foram testadas em duas bactérias Gram-negativas, Escherichia coli e Salmonella Typhimurium e duas Gram-positivas, Staphylococcus aureus e Staphylococcus epidermidis. Pode-se observar que as extrações de DNA das bactérias Gram-positivas, possivelmente por possuírem parede celular mais espessa, apresentaram amplificações somente com a utilização dos protocolos de extração com adição de proteinase K, enquanto o método com o Kit FTA Classic Card não apresentou resultados uniformes. De forma que o método de extração de DNA interferiu no produto final amplificado, o que pode interferir na análise e interpretação dos resultados.

Palavras-chave: Extração de DNA. RAPD-PCR. Genética de microrganismos. FTA.